上陸の特例の二つ目は「通過上陸」です。

（通過上陸の許可） 
第15条 　入国審査官は、船舶に乗つている外国人（乗員を除く。）が、船舶が本邦にある間、臨時観光のため、その船舶が寄港する本邦の他の出入国港でその船舶に帰船するように通過することを希望する場合において、その者につき、その船舶の船長又はその船舶を運航する運送業者の申請があつたときは、当該外国人に対し通過上陸を許可することができる。

例えば、船で日本へ来て、東京港で船を降りて観光する。その間に船は広島へ移動。本人も日本を観光しながら広島へ移動。広島で同じ船に乗って出国。という場合です。
なお、入管法施行規則により、上陸期間は15日以内とされています。

２ 　入国審査官は、船舶等に乗つている外国人で、本邦を経由して本邦外の地域に赴こうとするもの（乗員を除く。）が、上陸後三日以内にその入国した出入国港の周辺の他の出入国港から他の船舶等で出国するため、通過することを希望する場合において、その者につき、その船舶等の長又はその船舶等を運航する運送業者の申請があつたときは、当該外国人に対し通過上陸を許可することができる。

出入国港も船舶等も異なる場合です。通過経路が指定されます。
また、「出入国港の周辺の他の出入国港」というのは、両空港が隣同士の地方入国管理局の管轄区域内にある場合です。
例えば、名古屋空港と成田空港は良いですが、福岡空港と関西空港の場合はダメです。

３ 　前二項の許可を与える場合には、入国審査官は、当該外国人の所持する旅券に通過上陸の許可の証印をしなければならない。

４ 　第1項又は第2項の許可を与える場合には、入国審査官は、法務省令で定めるところにより、当該外国人に対し、上陸期間、通過経路その他必要と認める制限を付することができる。

５ 　前条第1項ただし書の規定は、第1項又は第2項の場合に準用する。

第5条の「上陸拒否事由」に該当する人はもちろん「上陸の特例」は認められません。昨日の「寄港地上陸」の場合も同様です。