上陸審査で上陸を認められなかった場合、その人を乗せて来た航空会社や船舶業者は、その人を帰国させる責任があります。その費用も航空会社や船舶会社が負担します。

乗ってきた飛行機あるいは船が再出発するまでに結論が出れば良いですが、間に合わなかった場合は、空港や港の近くの宿泊施設に泊まることになります。
この場合の費用も航空会社・船舶会社の負担です。

（退去命令を受けた者がとどまることができる場所） 
第13条の2 　特別審理官又は主任審査官は、それぞれ第10条第10項又は第11条第6項の規定により退去を命ずる場合において、当該外国人が船舶等の運航の都合その他その者の責めに帰することができない事由により直ちに本邦から退去することができないと認めるときは、法務省令で定めるところにより、当該外国人に対して、その指定する期間内に限り、出入国港の近傍にあるその指定する施設にとどまることを許すことができる。

２ 　特別審理官又は主任審査官は、前項の指定をしたときは、当該外国人及びその者が乗つてきた船舶等の長又はその船舶等を運航する運送業者に対しその旨を通知しなければならない。