入国審査官から上陸の許可をもらえず、特別審理官の口頭審理の結果でも、上陸を許可されず、それでもその結果に不服があり、上陸を希望する場合は法務大臣に異議申立をします。この異議申立は書面で行います。

（異議の申出） 
第11条 　前条第9項の通知を受けた外国人は、同項の認定に異議があるときは、その通知を受けた日から三日以内に、法務省令で定める手続により、不服の事由を記載した書面を主任審査官に提出して、法務大臣に対し異議を申し出ることができる。

２ 　主任審査官は、前項の異議の申出があつたときは、前条第2項の口頭審理に関する記録その他の関係書類を法務大臣に提出しなければならない。

３ 　法務大臣は、第1項の規定による異議の申出を受理したときは、異議の申出が理由があるかどうかを裁決して、その結果を主任審査官に通知しなければならない。

４ 　主任審査官は、法務大臣から異議の申出が理由があると裁決した旨の通知を受けたときは、直ちに当該外国人の旅券に上陸許可の証印をしなければならない。

５ 　第9条第3項の規定は、前項の証印をする場合に準用する。

在留資格と在留期間のスタンプをパスポートに押すということです。

６ 　主任審査官は、法務大臣から異議の申出が理由がないと裁決した旨の通知を受けたときは、速やかに当該外国人に対しその旨を知らせて、本邦からの退去を命ずるとともに、当該外国人が乗つてきた船舶等の長又はその船舶等を運航する運送業者にその旨を知らせなければならない

上陸拒否された外国人を帰国させるのはその外国人を乗せてきた飛行機の航空会社や運送業者等です。費用も航空会社・運送業者等が負担します。