ポイントは上陸する際には、入国審査官から在留資格と在留期間を決めたスタンプをパスポートに押してもらわなければ、上陸してはいけない、ということです。
また、この決定をするのは入国審査官ですから、査証も在留資格認定証明書も上陸許可・在留期間を保証するものではありません。入国審査官の審査によっては上陸が不許可になったり、在留期間が短くなったりする可能性もあります。

（上陸許可の証印） 
第9条 　入国審査官は、審査の結果、外国人が第7条第1項に規定する上陸のための条件に適合していると認定したときは、当該外国人の旅券に上陸許可の証印をしなければならない。

２ 　前項の場合において、第5条第1項第一号又は第二号の規定に該当するかどうかの認定は、厚生労働大臣又は法務大臣の指定する医師の診断を経た後にしなければならない。

３ 　第1項の証印をする場合には、入国審査官は、当該外国人の在留資格及び在留期間を決定し、旅券にその旨を明示しなければならない。ただし、当該外国人が第26条第1項の規定により再入国の許可を受けて、又は第61条の2の6第1項の規定により交付を受けた難民旅行証明書を所持して上陸するものである場合は、この限りでない。

４ 　第1項の規定により上陸許可の証印をする場合を除き、入国審査官は、次条の規定による口頭審理を行うため、当該外国人を特別審理官に引き渡さなければならない。

上陸を許可されなかった場合の手続きです。第10条に書かれています。

５ 　外国人は、第4節に特別の規定がある場合を除き、第1項、次条第7項又は第11条第4項の規定による上陸許可の証印を受けなければ上陸してはならない。

不法上陸となり、退去強制・刑事罰の対象となります。