入管法では「入国」と「上陸」を分けて考えています。「入国」は日本の領空・領海に入ること、「上陸」は日本の領土に降り立つことです。
つまり、船や飛行機に乗っていて日本の国境内に入ってきたら「入国」、日本に着いて飛行機や船を下りたら「上陸」です。

第3条は「入国」の条件についてです。（「上陸」の条件は第4条です。）


（外国人の入国）
第３条 　次の各号のいずれかに該当する外国人は、本邦に入つてはならない。

一 　有効な旅券を所持しない者（有効な乗員手帳を所持する乗員を除く。） 
二 　入国審査官から上陸許可の証印又は上陸の許可（以下「上陸の許可等」という。）を受けないで本邦に上陸する目的を有する者（前号に掲げる者を除く。）

２ 　本邦において乗員となる外国人は、前項の規定の適用については、乗員とみなす。 



例えば、密入国しようとして船に乗ってやってきたとします。で、乗船中に発見されてしまった。ここで、パスポートを見せてもだめだということです。
退去強制と刑事罰の対象になります。